Кількісна протеоміка у ваших руках — від дизайну експерименту до аналізу даних

У цій лекції BioGENext Series Олександр Губар представив комплексний, практично орієнтований огляд підходів у сучасній кількісній протеоміці, провівши учасників через повний робочий процес: від дизайну експериментів до біологічної інтерпретації результатів.

У контексті планування протеомних експериментів було, зокрема, розглянуто фактори, що впливають на вибір стратегії кількісного аналізу, з акцентом на методиці label-free quantification (LFQ) та підходах на основі репортерних іонів, а також принципи визначення наборів зразків і стратегій реплікації. Спікер звернув увагу на критично важливі аспекти підготовки зразків, а саме: лізис клітин, протеолітичне розщеплення білків та очистка отриманих пептидів, підкресливши типові помилки та запропонувавши стратегії оптимізації.

Також було обговорено параметри мас-спектрометричних систем, які суттєво впливають на якість даних, і обґрунтоване їх правильне налаштування. Центральною частиною лекції стала демонстрація повного пайплайну аналізу даних: від завантаження публічно доступних первинних датасетів із репозиторію PRIDE/ProteomeXchange до подальшого пошуку за базами даних, кількісного аналізу за допомогою MaxQuant, контролю якості з використанням PTXQC, базового статистичного аналізу та, зрештою, біологічної інтерпретації результатів у Perseus.

Загалом, лекція надала учасникам чітке розуміння того, як планувати, виконувати та критично оцінювати експерименти з кількісної протеоміки, включно із ефективним використанням публічних датасетів і обґрунтованою інтерпретацією протеомних даних у біологічному контексті.