Структурна біоінформатика фолдингу, взаємодії та модифікацій РНК

У цій лекції професор Януш Буйницькі представив детальний огляд підходів структурної біоінформатики для вивчення фолдингу, взаємодій та хімічних модифікацій молекул РНК. Він підкреслив центральну роль РНК як регулятора клітинних процесів, продемонструвавши, як її просторова структура, динаміка і взаємодії з білками, малими молекулами та іонами визначають регуляцію генів і каталіз. Лекція також торкалася сучасних експериментальних викликів у визначенні структури і динаміки РНК (особливо гнучких або частково неструктурованих ділянок) та показувала, як комп’ютерне моделювання може бути потужною додатковою стратегією у цих випадках.

Професор Буйницькі представив підходи гібридного та грубого моделювання (hybrid and сoarse-grained modeling), розроблені в його лабораторії для вивчення:

• фолдингу РНК,
• РНК-білкових взаємодій,
• структурних наслідків модифікацій РНК.

Поєднання цих методів із експериментальними даними кріо-електронної мікроскопії, рентгенівської кристалографії та біохімічних технік дозволятиме ефективно передбачати, оцінювати і аналізувати просторові структури РНК у різних біологічних системах, відкриваючи нові перспективи для розробки препаратів, мішенню яких є молекули РНК.

Література

1. Boniecki M. et al., Nucleic Acids Res. 44, e63 (2016)
2. Mukherjee S. et al., Structure 32(11):1860-1876 (2024)
3. Loureiro RJ et al., Curr Opin Struct Biol. 94:103137 (2025).