Підходи до проведення збірного (pooled) скринінгу за допомогою CRISPR

Під час цієї лекції BioGENext Series доктор Ендрю Бассет представив ґрунтовний огляд збірного CRISPR-скринінгу як високопродуктивної стратегії для системного функціонального дослідження генів у великому масштабі. Він пояснив, чому такі скринінги стали ключовим інструментом функціональної геноміки, зокрема при ідентифікації генів, критично важливих для забезпечення життєздатності клітин; картування генетичних варіантів, пов’язаних із захворюваннями; пошуку терапевтичних таргетів та аналізу взаємодій між генами.

У лекції було розглянуто основні принципи дизайну експериментів, зокрема створення бібліотек sgRNA (single guide RNA), вибору стратегії генетичної пертурбації (CRISPR-knockout, CRISPRi або CRISPRa) та архітектури векторів, а також вимоги до рівня покриття та репрезентативності отриманих бібліотек. Особливу увагу також було приділено вибору модельних систем (від ракових клітинних ліній до систем на основі індукованих плюрипотентних клітин, органоїдів та in vivo моделей) і методам доставки генетичних конструкцій для різних моделей, а також забезпеченню відтворюваності експериментів, що передбачають лентивірусну трансдукцію.

Доктор Бассет також розглянув доступні підходи до зчитування результатів скринінгу, від аналізу клітинної життєздатності (fitness-based assays) та сортування клітин за допомогою FACS до omics-підходів окремих клітин і image-based скринінгів, підкресливши їхні переваги та обмеження. Загалом лекція акцентувала увагу на найкращих практиках проведення подібних досліджень, типових помилках та важливості подальшої валідації результатів експериментів. Було продемонстровано, що pooled-CRISPR-скринінги наразі відіграють важливу роль у розвитку функціональної геноміки та стимулюють нові досягнення у дослідженнях захворювань і розвитку персоналізованої медицини.